Volgens de traditionele literatuur zou dit gebied in de 12e eeuw ontstaan zijn door het afgraven van hoogveen, maar ook recent onderzoek kan dit niet helemaal bevestigen. Hoe dan ook, de Moeren stonden tot 1626 nog onder water.

Op het einde van de 16e eeuw en het begin van de 17e eeuw werden er overal in West-Europa grote projecten op gang gebracht in verband met landwinning. Ook de eerste pogingen voor het droogleggen van moerasgebieden in de kustvlakten behoren tot deze reeks initiatieven.

In de evolutie van de droogmaking van de Frans-Belgische moeren zijn, in tegenstelling tot andere droogmakingen vooral militaire belangen doorslaggevend geweest. Door het onderwaterzetten van de Moeren kon de haven van Duinkerke beschermd worden tegen vijandelijke aanvallen vanuit die richting en het water dat via de Moeren werd aangevoerd voorkwam dat de haven verzandde.

De Moeren waren tijdens de zomermaanden altijd al een broeihaard van ziektes en ongedierte geweest en er verscholen zich bandieten in het moeras waardoor de Moeren een bron van onheil waren voor de plaatselijke bevolking.